Winschoten behoort samen met Wedde, Ulsda, Onstwedde, Vlagtwedde en Bunde tot de oudste plaatsen in de omgeving. Alle genoemde plaatsen hebben de suffix -wida in hun oudst bekende benamingen, hetgeen hun ouderdom bepaalt in vergelijking tot de jongere plaatsen met suffices als -wolde en loo. Winschoten maakte samen met onder meer Westerlee en Heiligerlee, Ulsda, Blijham en Bellingwolde deel uit van het middeleeuwse landschap Reiderland. Ook maakte het deel uit van het bisdom Osnabrück. Winschoten vormde met de genoemde kerspelen het gericht van Winschoten, dat ook bekend staat als de voogdij van Winschoten.

Het bestuur van dit Reiderlandse gebied stond onder toezicht van de abdij van Corvey. Vanwege de grote afstand tussen Corvey en het gebied van het gericht was het bestuur overgedragen aan de familie Addinga. In 1474 wist deze familie te bewijzen dat ze dit bestuur al ruim honderd jaar in handen hadden. Vanwege dit feit hadden de Addinga's een rol van betekenis in Reiderland ondanks dat ze hun stamslot later in het Westerwoldse Wedde hadden. Het landschap Westerwolde viel desondanks ook onder het bisdom Osnabrück en voor het grootste deel onder abdij van Corvey.

In de periode van strijd tussen de Schieringers en Vetkopers wist de stad Groningen behalve het Oldambt in 1435 ook het Reiderlandse Winschoten aan zich te binden. De Addinga's werden verjaagd en ten zuiden van Winschoten werd de Pekelborg gebouwd. In 1474 probeerden de Addinga's nog het bestuur over het gericht van Winschoten terug te krijgen, maar dit mocht niet baten. De Groningse bezetting werd gelegitimeerd en er werd nadien zelfs beweerd dat het gebied altijd al deel had uitgemaakt van het Oldambt, hetgeen historisch onjuist is. Aan het begin van de zestiende eeuw is er wederom een onroerige tijd, waarbij Karel van Gelre in 1530 heer van Groningen werd, om in 1536 afgelost te worden door Karel V.

Nieuwe tijd

Winschoten maakte na de slag bij Heiligerlee (1568) tot aan 1580 weinig bijzonderheden mee. In 1580 ging de stadhouder van Groningen, Rennenberg, over tot de Spaanse zijde en tot aan 1594 vonden herhaaldelijk schermutselingen plaats in en rondom Winschoten. In 1593 werd de plaats door graaf Willem Lodewijk van Nassau op de Spanjaarden veroverd, maar werd in hetzelfde jaar heroverd door Spaanse troepen onder graaf Frederik van den Berg. Bij die gelegenheid werd de kerk te Winschoten tegen de Spanjaarden verdedigd door een sergeant Joan Moda. In 1594 viel de gehele provincie in handen van Staatse troepen. In 1624 werd Winschoten nogmaals door Spaanse troepen veroverd en verbrand.

Winschoten werd in het rampjaar 1672 door de troepen van Bernhard van Galen, de bisschop van Münster, veroverd zonder tegenstand. Later in dat jaar werd een veldslag geleverd doordat Groningse troepen Winschoten heroverden. De Groningse troepen onder kolonel Jorman wonnen de slag, veroverden de schans in Winschoterzijl en ook de Wedderborg. De Groningers waren nog niet van de Munsterse troepen af: in maart 1674 werden Winschoten en omringende plaatsen nogmaals geplunderd. Economisch stelde Winschoten in de zeventiende eeuw nog niet zoveel voor. Met het doortrekken van het Schuitendiep (Winschoterdiep) in 1653 werd Winschoten al enigszins ontsloten. De Rensel werd gekanaliseerd en er werden betere wegen aangelegd. Pas in de achttiende eeuw begon de bloei en welvaart wat toe te nemen, om een voorlopig hoogtepunt te bereiken in de negentiende eeuw.

Moderne tijd

Winschoten werd in de negentiende en het begin van de twintigste eeuw een echte handelsstad, mede door de aanwezigheid van vele Joden. Ook speelde de aanleg van een spoorweg naar Groningen in 1867 een grote rol. De geschiedenis van Winschoten kent een zeer zwarte bladzijde door het afvoeren van de Joden in de Tweede Wereldoorlog, die nagenoeg alle werden vermoord in concentratiekampen. Winschoten werd in 1945 bevrijd door Canadese en Poolse troepen.

Op 12 mei 2004 is er een start gemaakt met de Blauwestad. De Blauwestad verbindt de gemeenten Winschoten, Scheemda en Reiderland. Het meer van de Blauwestad wordt Oldambtmeer genoemd. Kenmerkend voor de Blauwe Stad is "de Rups", die als informatiepunt dient voor geïnteresseerden voor het gebied, en die vanaf de autosnelweg A7 is te zien.

Sinds 1968 wordt in Winschoten in de maand november de zogenaamde Adrillenkermis gehouden. "Adrillen" is de Groningse uitdrukking voor Allerheiligen. De kermis hiervan vindt plaats op het terrein bij De Klinker. Na de geplande herbouw van de Klinker zal hiervoor een nieuwe plaats worden gezocht. De gemeente zegde in 2007 toe dat dit geen beletsel zal zijn voor het doorgaan van "de Adrillen".